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WB 條帶大小和蛋白預測八字不合？先檢查這 5 點！
閱讀次數(shù)：940 發(fā)布時間：2019/3/7 14:06:00

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WB 實驗是各位童鞋們，時常光顧的一個實驗。但就是這樣一個初級又常用的實驗，卻會出現(xiàn)各種稀奇古怪的問題。

比如在 WB 實驗鑒定蛋白時，我們得到的蛋白質條帶大小常常會和預測值有所偏差。

這下面的 5 條準則，在遇到蛋白質條帶大小和預測值偏差的時候，拿出來分析一下。

我們可以對照著這張圖來看原因。

下面就來詳細地講解一下這 5 條具體是個啥。

當我們做 WB 實驗鑒定蛋白的時候，*喜歡看到的是這樣的條帶：

但通常，自己做出來的，就會變成這樣：

是生活對我們這些實驗小可愛下手了嗎？
還是水逆沒過去？
為什么 WB 跑了這么多次，
都和預測差了這么多？

當然不是那些玄學流原因啦。讓我們科學地分析一下到底是哪里出了問題。

▪內源性蛋白 or 重組蛋白

查問題要從源頭查起，所以各位艾粉們要先看一看樣品是內源性蛋白還是重組蛋白？

如果是內源性蛋白還不打緊，如果是重組蛋白，那么馬上就要看一看重組蛋白是否為全長序列了。假如樣品是重組蛋白，還不是全長序列，那么條帶大小一定會和預測大小不一致。

▪多個 isoform 辨仔細

如果確定了樣品是內源蛋白，那就要看看我們的目標蛋白是不是有其他的 isoform，這個我們通常會去查看 NCBI 或者 SWISSPROT 來確認。

▲ SWISSPROT 會標出有些基因有多種 isoform

做著實驗，結果換了別的 isoform 可就一頓瞎忙活啦。

▪剪切活化要注意

如果在 SWISSPROT 或者權威的文獻里提到了，樣品的這個蛋白需要剪切活化，那么結果又要和預測值不同啦。

▪成倍增長多聚體

如果蛋白大小和預測值有明顯倍數(shù)關系，那就要考慮一下這個蛋白是不是二聚體或者多聚體啦。

▪蛋白修飾要變大

如果排除了以上 4 條原因，預測值和實驗結果不一致，那就是因為我們面對的蛋白質，是個善變的對象，它不僅會剪切活化，還有在翻譯表達后修飾。

比如：比如甲基化、乙�；⒘姿峄�、糖基化、烷基化、生物素化、谷氨酸化、甘氨酸化、硫酸化、異.戊二烯化、硫辛酸化、磷酸泛酰巰基乙.胺基化……balabala。

在不同狀態(tài)下的蛋白質還會有不同的修飾。加入了官能團肯定會讓蛋白質比預測值偏大。在日常的實驗中，糖基化是比較常見的修飾，一般會導致跑出來的條帶比預測值大那么一些。